Existe la teoría de que la causante fue una tormenta magnética, pero las tormentas magnéticas solo se producen en el seno de explosiones nucleares mucho mayores que ellas mismas. No hay rastros de ellas en Tunguska.

En 1989, los astrónomos D’Alessio y Harms sugirieron que parte del deuterio de un cometa que penetró en la Tierra podría haberse fusionado nuclearmente, dejando una «firma» distinguible en forma de Carbono-14 en la atmósfera. Concluyeron que la cantidad de energía nuclear liberada habría sido casi despreciable. En 1990, César Sirvent propuso que un cometa de deuterio, es decir, un cometa con una concentración de deuterio anormalmente alta en su composición, podría haber explotado como una bomba de hidrógeno natural, generando la mayor parte de la energía liberada en la explosión. La secuencia habría sido, primero una explosión mecánica o cinética, e instantes después una explosión termonuclear generada por la primera explosión pero no hay pruebas que avalenla teoría.
Una expedición italiana que viajó a la zona en 1999 anunció en 2007 que ha encontrado un cráter (el lago Cheko) asociado al suceso. Se trataría de un cráter de unos 50 metros de profundidad y 450 de diámetro localizado a 5 km del epicentro de la explosión. Los científicos afirman que han estudiado anomalías gravitatorias y muestras del fondo del lago que revelan este origen. Además, no hay testimonios ni mapas que avalen la existencia de este lago con anterioridad a 1908. Creen que se trataría de un fragmento menor del cuerpo impactante (cometa o asteroide) y que chocó a velocidad reducida. Diversos científicos han puesto en duda esta hipótesis, ya que consideran extraño que se generara sólo un cráter menor, en vez de un gran cráter (como el Cráter del Meteorito, en Arizona) o un rosario de pequeños cráteres (como el meteorito de Sikhote-Alin, en Rusia, o Campo del Cielo en Argentina), además existen árboles en el lago que aparentan tener más de cien años.
La teoría que tiene más simpatizantes es la de un cometa pequeño o quizá sólo un fragmento compuesto de hielo y polvo que estalló y posteriormente quedó completamente vaporizado por el roce con la atmósfera terrestre, permitiendo que todo el hielo se sublimara directamente a gas, que se dispersó por la atmósfera eliminando todo rastro de la explosión. Al observar los sismogramas del fenómeno Tunguska, estos corresponden a una explosión con una potencia de 30 megatones a 8 km de altura al ser comparados con los de explosiones nucleares aéreas. Según una hipótesis formulada en la década de 1930 por el astrónomo I. Astapovich y el meteorólogo F. J. Whipple, se trató del impacto de un pequeño fragmento de cometa cuyo núcleo, dada la masa estimada, habría debido tener un diámetro de varios centenares de metros. La cohesión del conglomerado que constituye el núcleo de un cometa es muy débil como para permitir su desintegración rápida en la atmósfera, ocasionando una gran explosión de gran magnitud al impactar contra el suelo y vaporizándose. La destrucción ocasionada se debería, fundamentalmente, a la onda de choque atmosférica y, secundariamente, a la onda térmica. La trayectoria de caída indica que el cometa procedía de una dirección muy próxima a la del Sol, dificultando su observación. El día anterior a la explosión hubo una lluvia meteórica llamada táuridas, y el cometa 2P/Encke, fuente de la misma, se encontraba muy cerca de la Tierra. Pero al igual que las otras teorías, ésta no responde a todas las conjeturas.
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