La historia de este personaje se vio envuelta en dificultades toda su vida, debido a la gran inestabilidad de su época, sus últimos años vivió en la pobreza siendo perseguido por las altas esferas del gobierno, entre ellas, la iglesia, debido en mayor parte, por "pervertir al pueblo", pero igualmente tenía muchos seguidores que lo apoyaban en la corte inglesa. Nació el 13 de julio de 1527, siendo un matemático destacado, astrónomo, astrólogo, ocultista, navegante y consultor de la reina Isabel I. Dedicó gran parte de su
vida al estudio de la alquimia, la adivinación y la filosofía hermética. Era uno de los hombres
más eruditos de su época, fue invitado a disertar sobre álgebra avanzada en la Universidad de París, mientras aun no superaba la veintena. En 1555, fue arrestado y acusado de calcular horóscopos de la reina María I de Inglaterra y la princesa Isabel. Los cargos fueron luego elevados a traición a María. Dee compareció en la Cámara estrellada y se exoneró a sí mismo. Pero fue entregado al obispo católico Edmund Bonner para un examen religioso. Su fuerte y perdurable inclinación al secreto tal vez empeoraba las cosas, este íntegro episodio fue sólo el más dramático de una serie de ataques y difamaciones que perseguirían a Dee a lo largo de su vida. Cuando Isabel subió al trono en 1558, Dee se convirtió en su consejero de confianza en asuntos astrológicos y científicos, eligiendo él mismo el día de su coronación. De la década de 1550 a la de 1570, sirvió como consejero en los viajes de descubrimiento de Inglaterra, proporcionando asistencia técnica en navegación y apoyo ideológico en la creación de un “Imperio británico”. Dedicó mucho tiempo y esfuerzo en los últimos treinta años de su vida a tratar de comunicarse con los ángeles a fin de aprender el lenguaje universal de la creación y lograr la unidad de preapocalíptica de la humanidad. Estudiante del neoplatonismo renacentista de Marsilio Ficino, Dee no dibujó distinciones entre su investigación matemática y su estudio de la magia hermética, la invocación de ángeles y la adivinación. Consideró sin embargo que todas sus actividades constituían diferentes facetas de la misma búsqueda: la indagación de una comprensión trascendente de las formas divinas que subyacen al mundo visible, que Dee llamó "verdades puras".
Hacia los primeros años de la década de 1580, buscó ponerse en contacto con ángeles a través del uso de un "scryer" o bola de cristal, que actuaría como un intermediario entre Dee y los ángeles, sus primeros intentos no fueron satisfactorios pero, en 1582, conoció a Edward Kelly, quien lo impresionó enormemente por sus capacidades. Dee tomó a Kelly bajo su servicio y comenzó a invertir todas sus energías en sus propósitos sobrenaturales. Estas "conferencias espirituales" o "acciones" fueron conducidas con un aire de intensa piedad cristiana, siempre después de períodos de purificación, oración y ayuno. Dee estaba convencido de los beneficios que podrían aportar a la humanidad. Dee sostuvo que los ángeles le dictaron laboriosamente varios libros de este modo, alguno en un lenguaje especial angélico o idioma enoquiano. Tuvo audiencias con el emperador Rodolfo II y el rey Esteban I Báthory de Polonia y trató de convencerlos de la importancia de sus comunicaciones angelicales. Por varios años intentó sin éxito obtener una compensación por los ingresos que había perdido en los últimos años. En 1956 fue nombrado director de la Cruz de San Juan, casi con toda seguridad como una forma de sacarlo de Londres. Dee regresó a Mortlake después de seis años para misteriosamente encontrar su biblioteca (en ese entonces la más grande de Inglaterra) en ruinas y muchos de sus preciados libros e instrumentos robados. Murió en Mortlake suponiendo que ocurrió a finales de 1608, pero su fecha de fallecimiento exacta no se sabe, ya que los registros parroquiales, así como la lápida de Dee, desaparecieron. A él se le adjudica la autoritoria del libro Voynich y de muchas otras obras "prohibidas".
En diciembre de 2004, tanto una "piedra que muestra" (una piedra utilizada para la visión) perteneciente con anterioridad a Dee como una explicación de su uso de mediados de la década de 1600 escrita por Nicholas Culpeper fueron robadas del Museo de Ciencias de Londres; fueron recuperadas poco tiempo después.
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• El espéculo o espejo de Dee (un objeto de culto azteca de obsidiana con forma de espejo de mano, traído a Europa a finales de la década de 1520), que una vez perteneció a Horace Walpole.
• Los pequeños sellos utilizados para soportar las patas de la "mesa de práctica" de Dee (mesa en la que se realizaba la visión).
• El voluminoso, elaboradamente decorado "Sello de Dios" de cera, usado para soportar la "piedra que muestra", la bola de cristal utilizada para la visión.
• Un amuleto de oro grabado con una representación de una de las visiones de Kelly.
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